W czasie stosowania antykoncepcji hormonalnej (tak jak i wszystkich innych leków) zgłaszane są działania niepożądane. Większość ma charakter przejściowy/adaptacyjny ale możliwe są również naprawdę poważne sytuacje. Pełna lista potencjalnych działań niepożądanych znajduje się w ulotce dołączonej do opakowania. 
 

Wśród działań występujących „często” (tzn. częściej niż u 1% ale mniej niż 10% użytkowniczek), znajdujemy: depresyjny nastrój, bóle głowy (w tym migrenowe), nudności, zaburzenia miesiączkowania, ból/tkliwość piersi, zakażenia pochwy (z wydzieliną, grzybicze). Pozostałe działania dotyczą mniej niż 1% użytkowniczek a wśród nich są wahania libido, ciśnienia tętniczego czy masy ciała, wymioty, biegunka, zmiany skórne czy obrzęk piersi oraz jeszcze rzadsze (mniej niż 1 promil użytkowniczek), jak nadwrażliwość, astma, zaburzenia słuchu, rumień skórny, wydzielina z piersi. 

Potencjalnie najpoważniejszym działaniem niepożądanym antykoncepcji zawierającej estrogeny (pigułka/plater/pierścień) jest zakrzepica (zarówno żylna jak i tętnicza). Choć występuje rzadko (poniżej 1 przypadku na 1000 użytkowniczek ale więcej niż 1 na 10 000) to trzeba o niej pamiętać już na etapie kwalifikacji do stosowania. Aktualna zakrzepica, zakrzepica w wywiadzie czy czynniki ryzyka wystąpienia zakrzepicy są przeciwwskazaniami do stosowania antykoncepcji hormonalnej. W przypadku implantów trzeba jeszcze wziąć pod uwagę potencjalne powikłania pozabiegowe (zakażenia czy uszkodzenia). 

Antykoncepcja hormonalna powinna być prowadzona pod kontrolą ginekologa a wizyty kontrolne odbywać się wg. decyzji lekarza, minimum raz w roku.